Teren oko Bogutovačke Banje izgrađen je od serpentina, krečnjaka, I magmatskih stena. Kontakti između stena su tektonski, a termalni izvori izbi­jaju na mestu ukrštanja ibarskog i lopatničkog raseda.

Banja ima tri izvora. Dva starija, kapaciteta oko 10 litara u sekundi leže jedan nad drugim, pri čemu je gornji snažniji. Oni izbijaju iz pukotina i daju mineralnu vodu temperature 24,7°C. Treći, najmlađi izvor kaptiran je 1958. godine. 

Bogutovačka mineralna voda je jedna među prvim proučenim u Srbiji, analizirana je 1835. godine. Ubraja se u slabo sumporovite vode. U litru mineralne vode najviše ima natrijuma, magnezijuma i kalcijuma, zatim hidrokarbonata, sulfata i hlora, kao i rastvorenih oksida silicijuma, gvožđa, aluminijuma i dr. 

Voda Bogutovačke Banje koristi se za kupanje, ali je bolesnici i piju. Ne zagreva se, pa je kupanje u njoj u početku neugodno (zbog hladnoće). Bo­lesnicima sa manom srca, temperatura ove mineralne vode više odgovara od kupanja u toplijoj vodi susedne Mataruške Banje. Bogutovačka mineralna voda leči funkcionalna oboljenja nervnog sistema, odnosno nervne bolesti, neuralgije, , neurasteniju i psihoneurozu (nesanicu, glavobolju), vegetativne neuroze, zapaljenje živaca, kao i neka srčana obo­ljenja (nervoza srca), povišeni krvni pritisak, rekonvalescentna stanja i dr. Zahvaljujući prisustvu radijuma, leči i neka kožna oboljenja (ekceme).