Vrujci imaju termalne izvore sumporovite i slabo redioaktivne vode, kao i lekovito blato. Izvorište lekovite vode BanjeVrujciima pet glavnih i nekoliko sporednih vrela spojenih otokama. Lekovita voda izbija iz mulja i rastresitog nanosa naprostoruod približno 200 metara dužine i oko 60 metara širine.

Zemlja je bušena, a glavna bušotina je tik pored uređenog kupališta. Temperatura vodejeuproseku 26°C. Odatle se voda razvodi u sve banjske objekte. Na izlaznom delu bušotine, vodakroz postavljenecevisamoizlivom ističe, sa oko 60 litara u sekundi.

U neposrednoj blizini glavne bušotine nalazi se i plića bušotina, dubine 16 metara. Njena vodaje nekada bila sprovedenaučesmu sa tri lule, prečnika 3 cm, odakle je voda slobodnoisticala. Banjski posetioci su ovu vodu pili da bi lečili želudacikamen u bubregu, kao i zalečenje očnih oboljenja. Stara česma je zamenjena i voda je sprovedena u novu veliku česmu. Deo izvorišta je kanalisan i odvodi vodu u reku Toplicu. Kanali prolaze kroz objekte banjskogkompleksa, i posetiocičestoprovode vreme u njima.

U kupatilu "Vojvoda Mišić", sa dna bazena, muškog i ženskog, termalna voda prirodno ističe snažnim mlazom, stalno puneći bazene. Tokom sezone, voda se u bazenu prirodnim putem na svaka dva sata menja.

Pored voda, u Banji se javljaju i vode koje iznose iz dubine najfiniji mulj, bogat mineralnim i radioaktivnim materijamaipolažu ga u blizini izvora i duž reke Toplice koja protiče kroz banju. Tako se hiljadama godina natapa tle i stvarajunaslagelekovitog blata. Lekovito blato sadrži i po nekoliko hiljada puta veće koncentracije elemenata i jedinjenja nego štoih sadržilekovita voda. Pre urbanizacije kompleksa, oko lekovitog izvora i rečnog korita, bila su najveća blatišta, a danas su najznačajnije naslage lekovitog blata u blizini druge vodenice niz reku Toplicu, kao i u koritu same reke. Lekovito blatosepravi i na veštački način od donete zemlje sa lekovitog blatišta, u posebnim aparatima. Blatom se oblaže telo ili neki delovi. Upotrebljava se u više ili manje razuđenom stanju, i u vidu kupki. Ređe se upotrebljava mazanjem po koži, sa istovremenim sunčanjem, što je prvobitna narodna metoda. Meštani su uglavnom pobornici ove narodne metode, i tela prošarana lekovitim blatom su svojevrsni osobeni znak Banje Vrujci. Savremena medicina je razvila bolje iuspešnijemetode. Lekovito blato se u centrima za rehabilitaciju meša i zagreva do 60°C, a potom se, u zavisnosti odoboljenja ipacijenta, temperatura prilagođava za toplo, indiferentno ili hladno blato. Blato se stavlja na oboleli deo tela uvidu oblogana 20 do 45 minuta, posle čega se ispira toplom vodom.

Institut za fizikalnu medicinu i rehabilitaciju Srbije iz Beograda, dao je 6. novembra 1987. - posle analize termalne vode iz kupatila "Vojvoda Mišić" - orijentaciono mišljenje o terapijskoj vrednosti kupanja kao dopunskom sredstvu lečenja kod sledećih oboljenja:

Institut za fizikalnu medicinu i rehabilitaciju proučio je i termalnu vodu iz glavne bušotine i dao mišljenje o njenoj terapijskoj vrednosti za lečenje kupanjem u kadama, kao dopunsko sredstvo lečenja u sklopu medicinske rehabilitacije, uz dogrevanje do temperature od 34-37°C kod sledećih bolesti:

a ukoliko se koristi pijenjem onda pomaže kao sredstvo za pomoć u lečenju:

Odeljenje za balneoklimatologiju u Institutu za fiziologiju Medicinskog fakulteta Univerziteta u Beogradu, na osnovu analize vode glavne bušotine, dalo je 9. maja 1994. godine mišljenje da se može koristiti kao dopunsko sredstvo u lečenju kupanjem:

dok ukoliko se koristi pijenjem može poslužiti kao dopunsko terapijsko sredstvo, u lečenju: