Hemijskim analizama je utvrdjeno da vode, čije temperature dostižu do 60°C, sadrže natrijum, litijum, kalcijum i magnezium, pa se termalne vode Banje Junaković ubrajaju u isti red voda poput onih u Karlovim Varima u Ceškoj, Harkanju (Madarska) i Lipiku (Hrvatska). Vode Banje Junaković indikovane su za lečenje:

• Reumatskih oboljenja (sve vrste reumatizma, degenerativni i zapaljivi reumatizam),
• Ortopedska oboljenja (deformacije kičmenog stuba i ekstremiteta, oboljenja kostiju i zglobova, stanja posle povreda kostiju i zglobova, postoperativna stanja kostiju i zglobova, lečenje sportskih povreda (operisanihi neoperisanih),
• Neurološka oboljenja,
• Lečenje oboljenja perifernog i centralnog motornog nervnog sistema, kao i anomalija nervnog sistema,
• Ginekološka oboljenja,
• Postoperativna stanja, stanja posle upala, klimaks tegobe, sterilitet,
• Oboljenja disajnih puteva (sstmaticne bolesti, bronhitis).

Lečenje se obavlja primenom savremenih medicinskih  metoda (hidroterapija, termoterapija, mehanoterapija, kineziterapija...) uz korišćenje modernih aparata i pod stalnim nadzorom lekara specijalista i terapeuta u rehabilitaciono-zdravstvenom centru.